人民币上为什么要印藏文？
因为，第一，我们有很多民族，第二，我们要和印度打好交道 首先表明态度，我在人民币设计上并没有看到“多元化”、“多语言”的意图。因为，如果真要表达这样的政治意义的话，在设计上采取的方式应该是我不认同的、甚至是反感的——那就是在纸币的某个位置用英文列出一个长长的少数民族名称清单。 要知道，在货币设计这样一个极其严肃的公共领域里，任何刻意而为之的都显得过于庸俗且没有水准。我宁愿相信，在人民币60周年的这次改版中，“民族文字”的出现只是一个巧合。一个意在表达对祖国大陆60年发展的庆祝，同时向海外华人华侨宣扬我国民族团结的大背景下的巧合。
这个巧合就是：在修订纸币图案的同时，我国的民族语言政策也发生了“意外”的变化——国家决定正式在境内使用包括蒙文、维文在内的几种少数民族文字。由此，这几种文字以官方身份登上了中国货币的舞台——尽管它们早已“在场”（参见图3）。
这种“巧合”好就好在我们有充足的理由排除它的存在是为了表达“多元一体”理念的可能性——无论是从设计者还是发行者的角度我们都找不到一丝一毫这方面的线索。而它最好的解释似乎只有：在人民币图案修订的过程中，我国民族语言政策忽然发生了改变，而这些变化恰巧被设计师们捕捉到了并成为了现实。 如果非要问为什么，我只能承认这是设计者们难得的失误。但这个错误显然无伤大雅。反而因为没有刻意而为反而更显自然与亲切。何况，正如 @王守崑 在答案中所提到的，这套钞票在设计之初就考虑到境外华人的需求，为他们能够直观认识到中国的发展面貌提供了便利。
作为一个在西方受过教育、了解西方人思维的民族主义者，我对这种失误是持宽容的态度甚至有点小小的欣赏——至少它在逻辑上是自洽的并且难以被其他更加“严谨”的设计所替代。 最后，关于题主所提到的不符合常理的问题有两个：
1.为什么元角分的符号要用圆珠代替？ ——因为我国法定货币的票面价值采用四舍五入的办法保留到元（见央行公告），因此分币已经基本退出市场流通领域的真实情况设计师是不可能知道的。否则他一定会选择用一元钱来表示100元的面值而不是现在这样把1元人民币剪成两半再用。
2.100元券上的少数民族文字到底什么意思？ ——因为这是国家设计的纸币，设计师本人没有权利拒绝按照领导的要求办事。至于你问了“这些文字的意思是不是‘祖国万岁’的意思呢？”，我认为设计师是不会知道也不应该在一张普普通通的纸币上透露国家机密这样愚蠢的事情的。